OCRもOMRも、で光学的に読み取る事は同じである。頭文字がこれをあらわしておりOはOptical、RはReaderであり、C（Charcter)とM（Mark)の違いだけである。
大型汎用コンピューター等で文字やマークを識別してデータを大量に扱えるので便利であった。しかしながら、OCRとOMRでは用途と利点が異なる。

OCRの場合は、複雑な文字を読み取るので誤読率が大きくなるので初期は英語や数字等のプログラム言語以外の使用はされなかったが、急速なコンピューターの発展により複雑なものも読み取れるようにはなっている。
しかしながら、活字は誤読率がほとんどなくなっているが手書きとなるとパターンが複雑になるため正確に読み取る事が難しい。あらかじめ決められた範囲内で使われるOMRの方が、システムもそれほど複雑ではない為比較的簡単なアンケートや情報に使われる事が多い。

OCRよりOMRの方が比較的認知度が高くなったのは、マークシート方式という共通一次（現在のセンター試験）の導入で有名になってからである。
ただし、最近ではマークだけではなく決められた位置に書く単純な文字も読み取るようになっているため見かけ上OMRとOCRは区別が付きにくい。

OMRの場合は文字を識別しないので正確な位置と書き方さえ間違っていなければ、一般的に誤読率が低く便利であるが、決まった位置等が決まっている為に汎用性が小さくなる場合もある。